Morten Søndergaard er uddannet fra Forfatterskolen (1989–1991) og er cand.phil. i litteraturvidenskab på Københavns Universitet i 1993. Han er medstifter af Øverste Kirurgiske, og var fra 2002 til 2008 redaktør for Hvedekorn i samarbejde med Tomas Thøfner. Han var desuden en af redaktørerne af Brøndums Encyklopædi. I 2003 og igen i 2007 blev Morten Søndergaard indstillet til Nordisk Råds Litteraturpris. Morten Søndergaard har været gift med forfatter Merete Pryds Helle. Sammen med deres to børn boede de i Italien i otte år, først i Vinci og senere i Pietrasanta, hvorefter de flyttede tilbage til København. Morten Søndergaard spiller på Forfatterlandsholdet.