John Frandsen har skrevet en del vokalmusik, solo- såvel som  korværker.

De vigtigste titler indenfor denne genre er Blake-cyklus'erne Songs of  Innocence (1984) og Songs of Experience (1991) for sang og guitar, Seven  Silly Songs (1987) for mezzo og guitar, Winternächte (1989) for mezzo og  bratsch og Fons Amoris (1998) for kor a cappella. […] 

Også i instrumentalværkerne spiller det sangbare, melodiske element en fremtrædende rolle. Det gælder i udpræget grad i de tidlige værker som String  Song (1980) for strygekvartet, blæserkvintetten Avers/Revers (1985) og Nature  morte (1986) for guitar solo. I senere værker er den melodiske gestik mere brudt og fragmentarisk - f.eks. i symfonien Dæmonernes Dans (1988),  strygekvartet nr. 2 Danse macabre (1991) og cellokoncerten Salme til  Isdronningen (1999). Ofte leges med associationer til kendte musikalske genrer og stilarter. Det giver til tider musikken et tvetydigt og  underfundigt udtryk. Det gælder f.eks. Variations on a Falling Star (1996)  for kammerensemble, der er udformet som en række variationer over en kendt  Disney-melodi. Også det abstrakte instrumentalteater har haft hans interesse,  hvilket bl.a. kommer til udtryk i blæserkvintet nr. 2 De/cadences (1987) og i  Askefuglen (1992) for kor og bånd.

Som operakomponist har John Frandsen gjort sig markant gældende. I maj 1995 uropførte Musikteateret "Undergrunden" hans opera Amalie  baseret på Amalie Skrams forfatterskab. En del af musikken herfra indgår i  Amalie suite for kammerorkester. I 1997 uropførtes hans monodrama Dronning  Boudicca på Den Anden Opera, og fra 1998 påbegyndte han arbejdet på en  operatrilogi baseret på Svend Åge Madsens roman Tugt og Utugt i Mellemtiden,  et projekt der realiseres i samarbejde med Århus Sommeropera. […] I sommeren 2001 uropførtes kirkeoperaen Undermålerne til tekst af Ivar Gjørup, forfatter af tegneserien "Egoland". Og 15. marts 2003  havde Det Kgl. Teater urpremiere på hans første store symfoniske  helaftensopera i-k-o-n med libretto af Sanne Bjerg og i Peter Langdals  instruktion. […]