Messiaens udgangspunkt var den Debussy'ske harmonik, men allerede i sine tidligste værker anvendte han modalitet, klare rytmiske identiteter og blokagtige, statiske former der kan minde om Varèse. Men indadvendt, meditativ ro veksler med ekstatisk bevægelsesenergi og rytmisk fremdrift.

Det er betegnende at han øste fra vidt forskellige kilder: gregoriansk sang og folkesang, oldgræske, indiske og fjernøstlige rytmer, Mozarts brug af talesprogets accentueringer, Stravinskys og Varèses rytmiske byggesten, naturlyde, og senere frem for alt fuglesang, som han indsamlede og studerede mange steder på jorden. I fuglesangen fandt han helt nye klange, farver, former og rytmer som optog ham gennem det meste af 50'erne og som han også senere vendte tilbage til.

Hans musikalske sprog er et storslået eksempel på sammensmeltning af et væld af forskellige musikalske impulser, uden hensyn til deres tidsmæssige og geografiske tilhørsforhold, men modsat f.eks. Debussy og Cage er hans syntese lukket omkring sig selv og sin urokkelige religiøsitet; trods sin enorme indflydelse som fordomsfri lærer og inspirator for den yngre generation, er han uden egentlige efterlignere eller efterfølgere.